张亮基在刚任云贵总督初期，面对云南的糜烂局势束手无策。

1861年底，马如龙联合昆阳杨振鹏和新兴田庆余部回民军，再次向昆明进发开始对省城的第三衣围攻。

1862年（同治元年）初，云南府所属各州县大都被回民军占据，昆明成为一座孤城。当时坐镇昆明的云南巡抚徐之铭迫于形势，不得不改变一意主剿的态度，一面准备向回民军发动军事进攻，一面派署提督林自清和署澂江知府岑毓英到回民军中“议和”，用高官厚禄引诱他们投降。

张亮基刚一上任便遇到这样的麻烦，岁面临的形势着实不容乐观， 幸他身边的总督卫队五千将士，都是由乡勇队帮忙训练战力强悍，不然只怕他连云贵的地面都不敢轻易踏足，这地方实在太过凶险。

而且刚开始吴可新任两广总督，也需要理顺两广事务才好腾出手来帮助盟友，刚开始那段时间只能独立奋战几乎没有外援。

此时回军将领马如龙认为机会难得，立即拜倒在云南巡抚给出的高官厚禄面前，声言“世受皇恩”，“志在报效，历年汉回仇杀，不得已铤而走险，非敢叛逆，今愿率众投诚”。

1862年3月经过一番羞羞答答的讨价还价，回军大将马如龙、马德新、杨振鹏等人正式向云南清军投诚。为了表示对朝廷的“忠顺”，马如龙等亲自到各地说降，胁迫各地将士解散或撤退，各路回军占据的昆明四周的昆阳、新兴、晋宁、呈贡、嵩明、罗次、易门、富民等城拱手献给清军。

他们的输诚行径受到了新任云贵总督张亮基的赏识，在张亮基以及云南巡抚的操作上奏下，朝廷很大方的授予投诚回军大将马如龙“署理总兵”的官职，授予投诚回军将领马德新以“二品伯克”之衔。

张亮基倒也是好运气，刚一上任云贵总督对任事务两眼一摸嘿之迹，便遇到如此好事自然不会轻易错过。

他在中原地区任职期间，吴可的乡勇队和左宗棠的楚军跟随左右，无论是河南还是淮北之地论凶险都要比战乱四起的云贵厉害得多，不管是河南的数十万捻匪还是临近的太平天国老巢，稍一不慎便有杀身之祸临头。

任职中原期间他虽然没有亲自指挥过战斗，都由手下两员大将吴可以及左宗棠帮忙解决，但手下总督卫队将士也都是见过雪经历过事儿的狠角，可能指挥大规模作战不成但是战场厮杀却是半分不秫。

经历过那么多风风雨雨，对于如此剿匪平叛有自己的一套准则，初上任时还没来得及开展工作，治下叛乱情况便有所好转，这对于张亮基来说是件好事。

而回军大将马如龙、马德新等降清后，大理杜文秀继续坚持反清斗争，滇西回军武装则成为云贵总督以及云南巡抚等的心腹之患。

回军大将马如龙、马德新等人在云南督抚大臣的授意下，接二连三地对杜文秀进行诱降活动。1862年夏马如龙写信给杜文秀，并派杨振鹏前往大理，一面以高官厚禄诱劝杜文秀投降，一面以军事进攻相威胁。